Het werkingsprincipe van een rubberen stop berust in de eerste plaats op het vermogen van het elastische materiaal om te herstellen van vervorming. Wanneer de stop in de opening van een fles of containerhals wordt gedrukt, ondergaat het materiaal drukvervorming en past het zich strak aan de binnenwanden aan, waardoor een naadloze afdichting ontstaat. Deze afdichtende werking is afhankelijk van de flexibiliteit en de verknoopte structuur van de moleculaire ketens van rubber, waardoor een stabiele contactdruk kan worden gehandhaafd ondanks schommelingen in druk of temperatuur.
Veel voorkomende afdichtingsmechanismen zijn onder meer perspassing en radiale compressie; een perspassing genereert voorspanning door ervoor te zorgen dat de buitendiameter van de stop iets groter is dan de binnendiameter van de opening, terwijl radiale compressie een langdurige afdichting bereikt door de structurele uitzetting van de stop zelf.
